/homeと/varと/etcの下だけバックアップ取ればいい場合は
$ rsync -Ra --exclude-from=/path/to/exclude backup.source:/ /mnt/backupdir
として, /path/to/exclude で,以下のような記述を行う.
+ /home/ + /etc/ + /var/ - *
内部動作を想像するに,ディレクトリを再帰的にたどる際に,それぞれのファイル名に対して上記パターンを上から順番に照合しているみたい.
/tmp や /usr は上記のパターンだと * にマッチするのでバックアップされない.