boost-1.50.0 へ乗り換えました.移行方法をメモします.
1.50.0 での変更箇所
http://www.boost.org/users/history/version_1_50_0.html に一覧がありますが,機能追加・バグ修正・仕様変更と色々変わっています.
特に大きな変更点としては,boost::filesystem の仕様変更が大きいです.それ以外は基本的に機能追加かバグ修正なので,従来のboostと同じように使えます.
boost::filesystem の変更点と対処方法
boost-1.49.x までの boost::filesystem では,Version 2系の古いAPIとVersion 3 系の新しいAPIとが共存していました.そして boost-1.50.0 でついに Version 2 のAPIが削除されました.つまり Version 3用にコードを書きなおす必要があります.
ただ Version2 と Version3 の違いはさほど大きくないです.詳細は下記URLに情報がまとめられていますが多くの場合は単純なシンボル名の置換で解決できます.
http://www.boost.org/doc/libs/1_50_0/libs/filesystem/doc/deprecated.html
あと #define BOOST_FILESYSTEM_VERSION 2 と指定している場合は "3" へ更新するのも忘れずに.